生物薄膜DNA、RNA提取要点

早前的文章我们讨论过了生物薄膜（biofilm）样品的基本特性以及影响样品制备和处理方法的因素。今天我们与你分享提取生物薄膜样品DNA或RNA的几个要点。下面列是我们处理了大量各种类型生物薄膜和微生物垫（biomats）总结出来的，以及与我们联合共同开发PowerBiofilm Kit的科学家的经验。

下面的列表会随着对生物薄膜的继续深入研究或遇到新类型有趣的样品而可能增加。如果你的样品非常难处理，联系我们，或者可以给你好的建议。

1）少加样。当使用2ml Bead Tubes小量提取时，加样量控制在0.05-0.2g。有些研究者通过自己实验室长期摸索优化，加样量有达到0.25-0.3g的。使用超过建议加样量常常会导致提不到核酸（见第三点）。建议加样量不是指导范围而是裂解溶液化学物的最优处理范围。过量加样会影响生物薄膜生长基质的去除和细胞裂解。

2）使用试剂盒提供研磨珠套管。PowerBiofilm 的研磨珠套管是经过专门设计适应裂解溶液化学物工作的。它不是简单的研磨珠混搭。外容器Tube本身非常坚硬，可适用于普通的涡旋振荡和强力高速珠磨研磨机，不会中途破裂。请不要把研磨珠转移到其它Tube管中使用。有些人未曾用过不透明的研磨珠套管，不过把离心后碎片等会沉淀下来，转移上清不会很困难。去尝试，如果有困难请随时联系我们。

3）不要超时研磨。使用你实验室常规研磨均质设备和标准设置不一定最好，有可能过分研磨。根据我们的经验，加长样品研磨时间或更大的研磨强度并不能提高得率。随着研磨时间的延长和强度的增加，多糖和其它有机/无机成分容易形成粘稠的裂解物。绝大多数这类物质不可溶，且会吸附核酸，导致核酸丢失。如果研磨完毕可转移的裂解物少于400μl，那么就是研磨太过了。高速研磨30s比较合适。

4）使用适量洗脱液。这条适用于使用二氧化硅滤膜过滤柱进行洗脱。最好的洗脱液体积是100μl。这个量可让核酸充分洗脱下来。均匀加到滤膜上的话，50μl最小量也还能保证核酸洗脱效率，不过100μl能获得最充分洗脱。使用小于50μl会严重影响核酸得率。请记住，稀释的核酸可通过浓缩缩小体积。

5）不要以为所有生物薄膜（biofilm）和生物垫（biomats）都差不多。有些生物薄膜杂质很多微生物很少，得率远没有想象中的那么高。若洗脱后分光光度计测不出来DNA或RNA，加样量没有超出建议值，也没有研磨太过，也许只是核酸浓度非常低。你仍然有可能通过PCR检测得到（见第六点）。若对你的生物薄膜样品不太了解，与预期得率差异很大，请联系我们，或者可以给出更多优化建议。关于一些生物薄膜和生物垫的常规得率，点击这里（biofilm_apnote）。

6）凝胶电泳和PCR共同评估核酸。使用紫外光检测得率，许多因素会影响读数的准确性。腐植酸和污染的RNA可明显推高A260。DNA碎片比完整DNA片段读数要高。凝胶电泳可更好检验分光光度计的结果。因为PowerBiofilm使用了IRT技术（抑制因子去除技术），获得的核酸非常纯净，所以若读数较低，也要比未经有效纯化DNA和RNA得到的结果更准确。如果凝胶电泳看不到条带，尝试PCR扩增。使用了IRT技术的PowerBiofilm Kit能保证扩增的成功率，这点明显区别于其它提取方法。

小结：

希望上述的几条建议能帮助正在努力奋斗提取此珍贵样品生物学信息的你。花费大量时间和金钱长途跋涉采样辛苦劳累，我们懂！希望你们试验能成功。后面会发布更多技术要领。也欢迎你与我们风险处理生物薄膜的心得和技巧。